Japonské počasí je koncem léta a počátkem podzimu silně zasaženo tajfuny. To má za následek záplavy, sesuvy půdy a další škody.
Rozdíly mezi počasím na severu (Hokkaidó) a na jihu (Rjúkjú) jsou obrovské. Zatímco na severu jsou dlouhé zimy se spoustou sněhu, na jihu panuje silné subtropické počasí.
Teploty se v zimě pohybují mezi -9°C až +16°C (maxima až -40°C), zatímco letní teploty se pohybují v rozsahu od +20°C po +30°C. Období dešťů trvá od poloviny června do první červencové dekády. Pak nastává vlhké a velmi horké léto. Tajfuny přicházejí nejčastěji na sklonku léta - koncem srpna a v průběhu září.
Průměrné množství srážek za rok v Tokiu je 1.405 mm, nejdeštivější je červen se 185 mm srážek a nejsušší leden s pouhými 45 mm. Srážky zejména v období dešťů bývají náhlé a velmi prudké. Nejlepší období pro turistiku jsou jarní a podzimní měsíce, kdy je teplo, ale ne vlhké vedro.